L’explication pourrait venir d’une sorte de « mélange » entre plusieurs prélèvements en laboratoire. « Mélanger potentiellement de petites quantités (…) dans les laboratoires de séquençage - ce qui donne alors l’impression que le virus s’est mélangé en vie réelle - arrive assez souvent car de minuscules volumes peuvent entraîner ce problème », a indiqué Tom Peacock. Les 25 cas dont il est question pourraient ainsi avoir été séquencés le même jour au même endroit.« L’analyse de Tom Peacock est très bonne. La distribution dans l’arbre de ces séquences est révélatrice, et ces problèmes de séquençage sont très fréquents, y compris avec Omicron », nous confirme Etienne Simon-Lorière, responsable de l’unité de génomique évolutive des virus à ARN à l’Institut Pasteur. Interrogé ce lundi matin sur RMC, le Pr Arnaud Fontanet a lui aussi « écarté » l’hypothèse d’un nouveau variant. Cependant, Leonidos Kostrikis a maintenu sa version dans un communiqué envoyé à Bloomberg dimanche soir.En attendant d’y voir plus clair, l’émergence de véritables recombinants est quelque chose de tout à fait possible, depuis près d’un an. Cela peut survenir lorsque deux virus infectent la même cellule, et l’on se retrouve avec « le produit du croisement de deux virus parentaux », nous indiquait en mars dernier Vincent Maréchal, professeur de virologie à Sorbonne-Université. Un lignage recombinant entre les variants Alpha et Delta avait, par exemple, été identifié au Japon il y a quelques mois.Just to add to this thread as there's further similar reports... True recombinants don't tend to appear until a few weeks/months after there's been substancial co-circulation - we're only a couple of weeks into Omicron - I really doubt there are any prevelent recombinants yet...
— Tom Peacock (@PeacockFlu) December 28, 2021
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